The Man In The Cell começa com Brennan e Booth sendo chamados a prisão, após um incêndio, a fim de identificar o corpo que seria de Howard Epps.
Para quem não lembra, Epps apareceu pela primeira vez no episódio The Man On Death Row, ainda da primeira temporada. Neste episódio ele é um assassino de uma garota de 17 anos que tem data marcada para sua execução. Como seu último desejo ele pede que Booth, responsável por sua prisão, reexamine o caso. Booth e Brennan acabam verificando que várias pontas soltas significam que ele teria um cúmplice, o que acaba impedindo sua execução.
Ele apareceu novamente o início desta temporada, no episódio The Blonde In The Game, desta vez porque a equipe do Jeffersonian encontra o corpo de uma jovem garota e tudo indica que Epps seja o responsável por mais esta morte. Apesar de Epps estar preso, novos corpos continuam aparecendo e a equipe acaba concluindo que o criminoso está influenciando alguém fora da prisão, para que esse cometa seus crimes. Eles conseguem achar a última vítima viva e descobrir o cúmplice.
Quando Brennan e Booth chegam à prisão federal ainda é difícil para os dois acreditar que Epps finalmente pode ter morrido. Com Brennan bocejando bastante, Booth brinca que ela estaria entediada, mas ela apenas explica que seu vizinho de porta está reformando o apartamento e o rádio fica ligado, alto, o tempo todo.
Em meio à confusão existente, Booth protege Brennan de pedaços das celas que caem e a alerta quanto aos presos, que viram uma mulher pela última vez quando Reagan ainda era presidente.
O corpo queimando está na cela que seria justamente o ponto de origem do incêndio, no final de um longo corredor. Brennan questiona por que Epps não estava no corredor da morte e o guarda explica que ele foi transferido para ficar mais próximo do tribunal, já que ele ainda está sendo julgado pelos vários assassinatos cometidos. Examinando o corpo ela busca pela cicatrização do braço que ela quebrou no passado, mas não existe sinal dela. O corpo não é de Epps.
O guarda diz que isso é impossível, mas Brennan encontra uma tatuagem do departamento de bombeiros, o que permite identificar como Epps deixou a prisão.
No laboratório a equipe se debruça sobre um artigo publicado sobre o Jeffersonian, com fotos da equipe. Um brinca com o outro sobre a maneira como foram descritos. Cam aparece perguntando o que puderam concluir sobre os restos sob a maca e pega a reportagem para si, dizendo para aproveitarem seus quinze minutos de fama, pois agora eles têm um psicopata para pegar.
Hodgins diz que identificou o catalizador como sendo álcool destilado, enquanto Zach confirma que as fraturas encontradas nos ossos são decorrentes do próprio incêndio. Cam pede que eles identifiquem os restos.
No FBI, Booth e Brennan conversam com Caroline Epps, que explica ter se divorciado de Epps e que não tem mais nenhum envolvimento com a vida do assassino. Ela diz que tentou ajudar Epps, mas depois dele se recusar a mudar ela perdeu completamente o contato com ele, a mais de seis meses. Booth oferece proteção policial para Caroline, mas ela se sente segura por ter mudado de emprego e de endereço, além de ter uma nova vida com um novo namorado.
Caroline ainda fala que o interesse de Epps é por jovens garotas loiras e que ela não faz seu tipo. Quando ela sai do escritório Brennan insiste com Booth que a garota está em perigo, mas Booth acha que quem está em mais perigo é ela, já que a questão entre eles se tornou pessoal, com Brennan representando tudo que ele odeia.
No laboratório Booth pede a Cam que dobre a segurança do laboratório, bem como fala que não quer vê-la sozinha e que todos devem permanecer no laboratório. Cam acaba por beijar Booth e dizer que está feliz por ele estar ao seu lado. Booth apenas sorri. (Momento desabafo: tá, eles ficam bonitinhos juntos, mas ele é da Brennan, saco!)
Cabe a Ângela identificar o bombeiro morto, Donald Kent, e também identificar que ele estava vivo quando o fogo o pegou. Ou seja, ele é a oitava vítima conhecida de Epps e, dessa vez, não é uma garota loira. Brennan e Ângela conversam sobre o caso e Ângela pergunta como Brennan consegue lidar com seu medo, ao invés de responder Brennan puxa sua bolsa e mostra a arma que comprou para sua defesa. A arma deve ser maior que o monitor em que você lê isso agora mesmo.
Booth entra na sala e pergunta onde diabos ela arrumou aquela arma, ela simplesmente responde: “no supermercado”, sorri e diz que é maior do que a o próprio Booth tem. Quando ele responde que o tamanho não importa, uma divertida Brennan responde que ela acha muito importante. Ângela arremata: “se você vai ter uma é melhor que seja bem grande”.
Após a saída de Ângela, Brennan atende ao telefone. É Epps, dizendo que havia esquecido como é gostoso respirar ar puro. Brennan sinaliza para Booth pedindo que ele localize a ligação. Epps continua falando o quanto se sente bem em não usar mais um macacão laranja, sendo que seu QI é maior que 180 e ele estava vestido como uma abóbora. Brennan conta que ele queimou o bombeiro ainda vivo, que agora não são somente garotas. Epps fala sobre crescer como ser humano.
Epps diz a Brennan que tudo que acontecer dali em diante será culpa dela, Brennan fica perturbada e pergunta o que acontecerá, Epps simplesmente diz que ela precisará usar sua cabeça para ter as respostas. Repetidamente ele diz que ela precisará usar a cabeça. Eles localizam a ligação, mas Epps já está longe.
No telefone Epps deixa uma mensagem para Booth e Brennan: algum tipo de artefado raspado. No laboratório, após verificarem que se tratava de um osso, de uma pessoa de trinta e poucos anos. Hodgins identifica produtos químicos no osso e temperos culinários. De repente Ângela grita e todos correm para ver o que é.
Em uma caixa aberta em cima de mesa, dentro dela um coração humano. É a segunda morte de Epps no dia, isso se o coração e o osso forem da mesma pessoa. O jornal onde o coração está enrolado dentro da caixa traz o artigo sobre a equipe do Jeffersonian, com destaque para a linha que diz que Ângela é o coração da operação. Cam sai para verificar como isso passou pela segurança, enquanto Brennan olha atentamente para o papel, pensando no que Epps disse sobre sua culpa.
O pacote foi entregue por um mensageiro de bicicleta, abordado por Epps próximo ao museu. A equipe para discutindo tudo que tem de informação até ali. Booth conecta os temperos encontrados com o fato da ex-esposa de Epps morar em Little Índia, em cima de um restaurante.
O apartamento está vazio desde a mudança de Caroline e nem as luzes funcionam. O barulho da geladeira caba chamando a atenção de Brennan. Ao abri-la eles encontram a cabeça de Caroline.
Cabe à Cam o exame da cabeça encontrada. A primeira coisa que nota é que ela não tem as marcas que sempre caracterizaram o modus operandi de Epps. Sem o restante do corpo fica difícil identificar a causa da morte. No cabelo da vítima um pó branco chama a atenção de Cam, que pede à Hodgins que identifique o produto.
Brennan lembra que Epps disse, ao telefone, para ela usar sua cabeça. No momento da ligação ela havia entendido como usar sua cabeça para pensar, mas agora ela entendia que a pista estava na cabeça de Caroline, lembrando que ele também falou algo sobre estar dentro da cabeça.
Cam precisa de tempo para examinar, e resiste a não respeitar os protocolos apenas para dar uma resposta mais rápida à Booth, que se mostra ansioso em colocar o bandido de volta na cadeia. No exame visual Cam ainda identifica que ele teria torturado a ex-esposa… E Booth resolve usar também um tipo de tortura: trazer a mãe de Epps para um interrogatório.
A mãe de Epps é um tipo e tanto, Brennan na hora atribui a ela a culpa pelo que o filho se tornou. Booth joga sobre a mesa drogas que teriam sido encontradas em sua casa, ela diz que são remédios receitados por seu médico, mas como os frascos não tem identificação Booth adianta que poderão levar alguns dias para checar a verdade.
Brennan conta à ela que estão a procura de Epps, mas ela afirma não ter visto ou falado com o filho já há muito tempo. Cabe a Booth contar que Epps é um fugitivo agora. Ela fala sobre o quanto se esforçou para criar um bom menino (?!?) e diz não saber o que aconteceu. Quando Booth menciona as cartas escritas por Epps na prisão ela conta que ele queria que ela entendesse o que ele fez e o perdoasse, mas ela nunca respondeu. Enquanto ela vai para uma cela Brennan apenas comenta como ela é uma pessoa agradável…
Com os dois de volta as ruas, Booth recebe uma ligação de Cam, que diz ter encontrado, dentro da orelha de Caroline, um papel com algo do Hillside Park. Booth reage imediatamente: e o parque onde seu filho brinca todas as tardes após a escola.
Booth encontra a babá do menino, quando não ó vê, ele e Brennan começam a correr pelo parque e chamam pelo garoto, que aparece com um cone de sorvete nas mãos. Ele conta que um homem lhe deu o sorvete, Booth se desespera e joga o sorvete no chão, perguntando sobre a aparência do homem. Parker então entrega ao pai um guardanapo onde está escrito: “Meu nome é Parker. Me pergunte como eu posso resolver este caso.” O desespero de Booth é claro e acaba assustando o garoto.
Booth liga para Cam, que ainda estava seguindo todos os protocolos, e conta sobre Epps ter se aproximado de seu filho. Ela se contagia pelo desespero do agente e resolve abrir a cabeça com uma serra, algo dentro dela se parte e um pó branco se espalha no ar. Zach ainda consegue se proteger, mas Cam cai no chão sem reação.
Booth e Brennan seguem para o hospital, onde Cam está internada em estado grave e não se sabe se conseguirá sobreviver, ainda mais, pois ninguém sabe o que a atingiu. Brennan ainda tenta consolar o amigo, mas ela mesma assume que ela não é boa com isso e que sempre pergunta à Booth ou à Ângela o que falar.
No laboratório, Hodgins e Zach trabalham tentando identificar traços do pó que foi aspirado por Cam. O papo sobre os dois, uma briga entre pessoas que não sabem brigar, dá uma quebrada no clima pesado que começou a dominar o ar desde o momento em que Epps se aproxima de Parker.
Booth conversa com Cam no hospital, ele se sente responsável por ter forçado a barra com ela. 
No escitório Ângela mostra à Brennan um raio x da cabeça de Caroline, onde é possível ver a cápsula de vidro que foi colocada lá dentro com o veneno. Como eles não têm sucesso em descobrir o elemento químico Brennan começa a apostar que Epps usou algum tipo de produto que mudaria suas características depois de um tempo exposto ao ar.
O celular de Brennan toca, dessa vez Epps é direto: “Quem eu peguei?”
Brennan tenta despistá-lo, enquanto coloca um agente do FBI para localizar a chamada, Epps sabe que conseguiu pegar alguém, já que viu os carros da emergência, fala que essa pessoa, se não estiver morta, logo estará. Brennan diz que ele está perdendo seu tempo, mas ele faz o jogo dele, e ele está no comando: se ela contar quem foi ele dá uma pista de como encontrar a cura.
Brennan acaba contando que Cam foi a vítima, ele advinha como ela tentou tirar a capsúla, elase apressa a concordar e pergunta sobre o veneno… Epps responde: “O corpo sabe o que a cabeça não pode dizer” Brennan ainda fica confusa, pergunta se a resposta está no corpo de Caroline ou da mãe dele. Agora ela fez sua jogada: Epps fica enlouquecido e pergunta por que ela está presa.
Brennan insiste para saber sobre o veneno, ele diz que ela não tem direito de prender sua mãe, ela diz que pode soltá-la, mas ele volta a virar o jogo e que ela lamentará o que fez. O FBI tem a localização, mas ela sabe que ele já partiu.
Brennan vai atrás de Booth no hospital, a primeira pergunta dele é sobre o veneno, mas ela ainda não tem a resposta. Depois de ouvir as novidades sobre o caso, Booth deixa o hospital com ela.
Booth tenta ajudar Hodgins a encontrar a solução para o mistério do veneno, tentando criar uma linha de raciocínio que permita eliminar as possibilidades até acharem a resposta. Com base no que foi encontrado na cabeça de Caroline a única coisa que conseguem concluir é que tem algo a ver com massa corrida, revestimento de parede.
Booth mal saiu do laboratório Zach o chama de volta, ou melhor, pede a Hodgins que o faça já que morre de medo dele. Ele andou pensando no jogo de palavras de Epps, considerando que suas pistas não são tão inteligentes assim: a pista sobre Parker.
Procurando no computador ele acaba chegando em parker e Parlker, uma manufatura de couros na cidade de Parker. Zach diz que são muitos Parkers, e ambos concordam que esse deve ser o lugar.
Na Parker e Parker o corpo de Caroline é encontrado, com algo em seu estômago, Antes que Booth possa evitar Zach coloca a mão no saco, mas abaixo dele um detonador pode matar a todos. Booth pede a Zach que faça pressão sobre o local e que todos saiam da sala. Ele vira uma mesa e então puxa Zach sobre ele, de maneira que os dois fiquem a salvo da explosão.
No jornal a explosão é mostrada em vários ângulos e informa que o Dr. Zach Addy morreu e um agente do FBI, Booth, está em condição crítica. Booth acha estranho ouvir essa notícia pela televisão, os dois na sala de Brennan no instituto. Quando Brennan pergunta a Zach como ele se sente ele faz questão de comentar que seus ferimentos foram causados, bem, não foram causados pela explosão.
Brennan e Booth entram em um estranho e hilário papo sobre serem heróis. Mais hilário é Brennan concordando com isso.
Hodgins analisa o veneno e acaba por descobrir o elemento químico, permitindo que Cam seja adequadamente tratada no hospital e seja salva. Booth parte para o hospital para estar ao lado dela quando ela acordar. Zach fica no escritório, já que não pode voltar a sua casa por estar morto, e Brennan vai para o apartamento descansar.
Um agente do FBI checa o apartamento antes da entrada de Brennan, ela agradece e então dá boa noite.
Enquanto vapor sai do banheiro e uma música toca, vemos um homem andando no escuro. Ele lentamente abre a porta e vemos Epps, de cabelos loiros, se aproximando do banheiro. Do outro lado, a porta do apartamento é aberta lentamente por Booth, carregando sua arma.
Enquanto Epps ainda se aproxima do banheiro, Brennan aparece, totalmente vestida e segurando sua arma, apontada direto para ele. Ele nem tem tempo de se surpreender direito e Booth entra pela porta do quarto, também apontando uma arma.
Booth conta que sabia que ele iria para lá, lembrando do apartamento em reforma ao lado dela e da massa corrida encontrada junto do veneno. Brennan é mais simples: era a opção mais lógica.
Brennan faz questão de ressaltar que Epps não é tão inteligente quanto pensa, mas ele pede um minuto sozinha com ela. Ele acha que tudo bem, mas Booth diz para ela não provocar um lunático.
Epps diz que não voltará para a cadeira, quebra a lâmpada do quarto e corre para a sacada, se atirando pelo balcão. Booth mal tem tempo de segurá-lo, enquanto Brennan assiste a tudo. Por mais que Booth tente, ele acaba perdendo Epps, que ainda tem tempo de culpar Booth por sua morte, como se ele fosse um assassino, antes de finalmente cair.
Um agente do FBI fala para Booth que eles viram o que aconteceu, que ele tentou salvar Epps. Brennan complementa dizendo que ninguém poderia salvá-lo, ele já tinha decidido o que faria. Antes de sair o agente ainda avisa a Booth que talvez ele tenha que ver um psiquiatra por causa do ocorrido.
No parque, Booth leva Parker para se divertir um pouco, ele sabe que exagerou com o garoto e que precisa fazê-lo perder o medo criado por ele. Brennan olha com orgulho para o amigo. Ele conta que terminou com Cam e explica porque acha que pessoas que trabalham juntas fazendo o trabalho que eles fazem não podem se envolver, para não colocarem ninguém em perigo.
Brennan parece pensar no que ele diz, quando vê Parker sorrindo no carrosel: “Ele parece estar bem agora.”
Booth e Brennan ficam assistindo, enquanto o carrosel continua a girar e girar.
